Islam tidak menghalang-halangi kemodernan, karena kemodernan itu sendiri termasuk nilai yang diajarakan Islam, melalui seruannya untuk menyongsong kemajuan dalam hidup. Namun demikian kemodernan ini akan menjadi sumber kehancuran bagi manusia apabila tidak didasari ruh keimanan dan ketakwaan kepada Allah Swt. Maka dari itu, pendirian Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan adalah sebuah upaya untuk mendorong kemodernan dalam bingkai keimanan dan ketakwaan.
Bermula dari tanggung jawab dan keterpanggilan untuk memajukan umat Islam dan
mencari ridha Allah Swt., muncullah ide dan cita-cita para tokoh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan mendirikan Pondok Pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum yang sekarang memiliki branding bernama Pondok pesantren IMBS Miftahul Ulum Pekajangan. Sejauh ini Pondok pesantren Miftahul Ulum Pekajangan senantiasa menuai perkembangan, baik secara fisik maupun non fisik yang cukup pesat dengan keadaan jumlah santri yang kian tahun semakin meningkat.
Latar belakang berdirinya Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan bermula dari keluarnya keputusan Muktamar Muhammadiyah ke-39 di Padang tahun 2005 yang menginstruksikan kepada daerah-daerah agar memperbanyak lembaga pendidikan ulama. Selain itu, keprihatinan para kyai dan sesepuh di Persyarikatan Muhammadiyah cabang Pekajangan terhadap gejala kelangkaan Ulama’, Mubaligh dan Mubalighot yang ada di Persyarikatan Muhammadiyah cabang Pekajangan dan sekitarnya. Sejalan dengan itu, tuntutan dan kebutuhan masyarakat akan hadirnya Ulama’ Mubaligh dan Mubalighot di tengah-tengah masyarakat kian banyak. Dengan landasan ini kemudian para Kyai dan sesepuh di Persyarikatan PCM Pekajangan mendirikan Pondok pesantren Miftahul Ulum yang diprakasai oleh K.H.Sulchan Mighrom (alm) dan K.H. Ishom Cholil (alm), sesepuh dan penasehat Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan pada masa Kepemimpinan H. Chadliri Masyhuri (alm) periode 1991-1996.
Pada awal penyelenggaraan pendidikan Pondok pesantren Miftahul Ulum Pekajangan hanya berupa kajian pendalaman dan penghayatan Agama Islam dalam bentuk

Takhasus dimana peserta tidak di batasi oleh umur serta tanpa dipungut biaya. Pendidikan Takhasus ini berlangsung selama 2 tahun, yaitu bulan juni tahun 1995 sampai dengan bulan juni 1997 yang bertempat di Kantor Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan (sekarang Gedung Dakwah PCM Pekajangan). Akhirnya, Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan, melaui Rapat pleno memutuskan berdirinya Pondok Pesantren Muhammadiyah dengan nama Miftahul Ulum. Keputusan ini berdasarkan atas rapat pleno Pimpinan Cabang Muhammadiyah yang tertungan dalam surat Keputusan No 95/S.KEP/V.0/B/1997 tertanggal 15 Juni
Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan menunjuk Bapak K.H. Syukron Madani sebagai mudir pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan yang pertama, melalui surat keputusan Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan yang ditandantangani oleh H. Yusuf Yahya (alm) sebagai ketua Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan periode 1996/2001. Sebagai tindak lanjut dari keputusan rapat pleno di atas, maka pada tahun ajaran 1997/1998 dimulailah awal tahun ajaran di Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan . Pada awal penerimaan santri baru tahun pelajaran 1997/1998 mendapatkan santri berjumlah 42 santriwan/santriwati dengan jenjang pendidikan formalnya, yaitu Madrasah Aliyah dan Madrasah Tsanawiyah.
Perkembangan selajutnya yaitu Pasca Musyawarah Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan tahun 2015 di Aula STIKES Muhammadiyah Pekajangan periode Muktamar Muhammadiyah 2015-2020. Ketua Pimpinan Cabang Muhammadiyah terpilih yaitu Bapak dr. H. Achamad Dahlan, Sp.OG melalui surat keputusan (SK) PCM Pekajangan Tahun 2017 menetapkan kebijakan tentang penataan lembaga pendidikan di lingkungan Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan, dengan menggabungkan 4 lembaga yang ada di lingkungan pesantren yaitu; Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan, MTs Muhammadiyah Pekajangan, Madrasah Aliyah Muhammadiyah Pekajangan dan SMA Muhammadiyah 2 Pekajangan menjadi satu manajemen di bawah manajemen Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan. Kemudian mengangkat Kyai Mohammad Tabi’in sebagai Mudir Pondok pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan kedua menggantikan KH. Syukron Madani, pada tahun 2017 terjadi estafet kepemimpinan dari Kyai Muhammad Tabi’in kepada KyaiSumarno melalui Surat Keputusan Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan tahun 2017 sampai sekarang.
Melalui kebijakan satu menajemen pendidikan di lingkungan Pondok Pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan. Dalam perjalanannya, pondok pesantren mengalami kemajuan yang cukup seignifikan dan menjadi salah tau etalase Amal Usaha di Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekajangan. berjalan dengan baik sampai sekarang, dengan beberapa perubahan dalam bidang sistem pendidikan dan pengelolaan yang di sesuaikan dengan perubahan zaman