Pondok Pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum Pekajangan mempunyai dua program jenjang selama 6 tahun, yang dalam pelaksanaannya dibagi menjadi dua program, yaitu sebagai berikut :
Program Pendidikan Formal, menyelenggarakan sekolah di pagi hari dengan menggunakan kurikulum Kementrian Pendidikan, Kementrian Agama dan Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah, LPP Muhammadiyah yang berbentuk sekolah formal yaitu Madrasah Tsanawiyah selama 3 tahun dan Madrasah Aliyah (IPS), SMA (IPA) selama 3 tahun. yang dikolaborisasikan dengan sistem pesantren
Program pendidikan non formal, menyelenggarakan pendidikan sistem salafi dengan menggunakan kitab-kitab kuning sebagai bahan rujukan dalam Kegiatan Belajar mengajar, ditambah dengan kegiatan ekstra meliputi : Kegiatan keorganisasian (IPM atau OPPM), olahraga, kepanduan, kursus keterampilan (menyablon, kaligrafi, letter), kesenian, muhadloroh, tilawatil qur’an dan lain-lain.
Kegiatan harian merupakan kegiatan yang dilakukan sehari – hari para santriwan dan santriwari. Kegiatan harian dimulai dari pagi bangun tidur, sekolah, ekstrakulikuler, kajian keislaman, dan lain – lain. Kegiatan harian Pondok Pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum dapat Anda kaji melalui tabel di atas.
Kegiatan bulanan meliputi berbagai macam lomba untuk meningkatkan kompetisi para santri melalui cabang lomba keagamaan, bahasa, ketangkasan dan keahlian, latihan kepemimpinan, tadabbur alam, mengadakan kajian KeIslaman dan lain-lain.
Kegiatan tahunan Pondok Pesantren Muhammadiyah Miftahul Ulum meliputi : PORSEKA (Pekan Olah Raga Seni dan Pramuka), pergantian Pimpinan Organisasi Pelajar Pondok Pesantren Miftahul Ulum (OPPM), Studi Banding ke Pondok yang lebih maju dan mengadakan pengajian umum dalam rangkaian pelepasan santri akhir.
Metode pendidikan di Pesantren IMBS Miftahul Ulum Pekajangan adalah keteladanan, pembelajaran, penugasan dengan berbagai macam kegiatan, pembiasaan, dan pelatihan, sehingga tercipta kedaan yang kondusif, karena seluruh santri tinggal di dalam asrama dengan disiplin yang tinggi. setiap kegiatan dikawal dengan ketat, disertai pengarahan, bimbingan dan evaluasi, serta diisi dengan pemahaman terhadap manfaat, sasaran dan latar belakang filosofinya. Dengan demikian seluruh dinamika aktifitas tersebut dapat berjalan dengan baik dan optimal. Sebuah lembaga pendidikan tidak dapat dijamin akan berhasil hanya karena program-programnya telah dirancang secara baik.Diperlukan metode yang benar dan tepat, agar penyelenggaraan kegiatan pendidikan ini berlangsung dan berhasil daya secara maksimal. Berikut ini beberapa metode pendidikan di Pesantren IMBS Miftahul Ulum Pekajangan
1)Keteladanan (uswah hasanah)
2)Penciptaan Lingkungan (conditioning)
3)Pengarahan
4) Penugasan
5)Pembiasaan
6)Evaluasi
Pesantren IMBS Miftahul Ulum Pekajangan di kelola oleh Dewan Asatidz yang telah mencapai kualifikasi keilmuan dalam berbagai bidang yang cukup mumpuni
Para Pendidiknya berlatar belakang pondok pesantren dan Pergurun tingi baik luar negeri maupun dalam negeri dengan kualifikasi S3, S2 dan S1 seperti Universitas Islam Madinah,Universitas Istambul Turki,International University of Africa (IUA) Khartoum Sudan, UIN, Universitas Darussalam Gontor Ponorogo, UNDIP, UNNES, UNSOED, UNIKAL, UMS, UMY, UAD, UMM dll adapun pengajar dari lulusan pesantren di antaranya Pondok Modern Darussalam Gontor Ponogoro, Pondok Pesantren Modern Al Mawaadah Ponorogo, Pondok Pesantren Modern Darunnajah Jakarta, Pondok Pesantren Moder Tazakka Batang Jawa Tengah, Pondok Pesantren Al-Irsyad Tengaran, Pondok Modern As-Salam Solo, Pondok Pesantren Tremas Pacitan dan IMBS Miftahul Ulum Pekajangan dll.
